I file BAM sono formati binari dei lettori di sequencer. Immagazzinano dati scientifici del nucleotide in un formato compresso, mescolando insieme letture sia allineate e non allineate. Essi sono controllati con lo strumento "bam2fastq", un comando di computer che viene installato con molti programmi di ordinamento del nucleotide (si può anche ottenere gratuitamente.) Per estrarre le letture non allineate da un file BAM, quindi, tutto ciò che serve è la riga di comando di Windows.

Istruzioni

1

Digitare "bam2fastq" nella barra di ricerca del menu Start per assicurarsi di che avere lo strumento (non devi aprirlo). Se non lo fai, ottenere gratuitamente in risorse.

2

Digitare "cmd.exe" nella barra di ricerca del menu Start. Fare clic su "cmd.exe" quando appare sopra. Verrà visualizzata la riga di comando di windows.

3

Tipo "bam2fastq - FILELOCATION.bam non allineati" (senza virgolette) nella finestra di comando.

4

Sostituire "FILELOCATION" con il percorso del file BAM. Utilizzare il formato C:\Folder1\Folder2\File.bam."

5

Premere "Invio". Questo pop-up una finestra di testo con le letture non allineate da quel particolare file BAM.